宙太の不注意とスパイの暗躍により、デミルからの攻撃を受けたエルドライブ太陽系方面署と地球は大きな混乱と被害に見舞われた。デミルは地球にさらなる攻撃を仕掛けることを宣言し、撤退の条件として「九ノ瀬宙太とモニタリアンを引き渡せ」と要求。責任を感じ一度は要求に応じようとする宙太だが、徹底抗戦の姿勢をとるレイン署長たち太陽系方面署の仲間とともに力を合わせ、巨大犯罪組織に立ち向かう決意をする。
悪の組織から宇宙の平和を守るため、エルドライブ太陽系方面署総動員の作戦が始まる！